先日、WordPressの4.0に更新したらヘッダーとフッターのメニューの表示で不具合が起きました。
ヘッダーにフッターメニューが表示され、フッターにはフッターメニューが表示されると言う現象でした。
色々、試してみて分かったのですが、テンプレートタグのwp_nav_menuの指定方法を変更したら直りました。
改善前
<?php wp_nav_menu("header"); ?>
改善後
<?php wp_nav_menu(array('menu' => 'header')); ?>
理由は、分かりませんが「改善後」のように指定しないと最後に作った新しいメニューが表示されてしますようです。